Imię Franciszka wywodzi się od łacińskiego Franciscus, które początkowo nosili członkowie zakonu franciszkanów założonego przez św. Franciszka z Asyżu w XIII wieku. Święty Franciszek zasłynął z pokory, miłości do przyrody i niesienia pomocy potrzebującym. Jego postawa i ideały przyczyniły się do rozprzestrzenienia kultu, a w ślad za tym imienia.
Żeńska forma Franciszka zaczęła pojawiać się w Europie w okresie późnego średniowiecza jako wyraz oddania duchowej spuściźnie św. Franciszka. W Polsce imię zyskało popularność głównie wśród rodzin związanych z duchowieństwem franciszkańskim oraz miłośników literatury religijnej.
W czasach nowożytnych Franciszka funkcjonowała często jako imię drugie lub środkowe w kompozycji z Marią, co odzwierciedlało skojarzenie z pokorą i czystością. W XIX wieku imię zyskało nieco świecki charakter, pojawiając się wśród inteligencji i artystów.
Obecnie Franciszka pozostaje imieniem rzadziej nadawanym, ale cieszącym się uznaniem rodziców poszukujących tradycyjnych, lecz wyjątkowych imion. Jego historia łączy duchowe dziedzictwo średniowiecznych zakonów z nowoczesnym postrzeganiem kobiecej siły i niezależności.