Imię Emilian zyskało popularność w okresie wczesnego chrześcijaństwa. Jednym z najsłynniejszych nosicieli był święty Emilian z Cogolludo, hiszpański pielgrzym i pustelnik z VI wieku, którego kult rozprzestrzenił się w południowej Europie. Jego postać wpłynęła na adaptację imienia w krajach romańskich, a później także w Polsce.
W Polsce imię pojawiło się w dokumentach kościelnych już w średniowieczu, jednak nie było powszechne. Największy wzrost popularności odnotowano w okresie Oświecenia, gdy rosnło zainteresowanie klasycyzmem i tradycjami antycznymi. Emilianów spotykano w rodzinach inteligencji i w środowiskach związanych z nauką oraz sztuką.
W XIX wieku imię zyskało dodatkową popularność dzięki literaturze. W polskich powieściach i wierszach pojawiały się postaci o imieniu Emilian, co dodatkowo utrwaliło jego obecność w kulturze narodowej. Po II wojnie światowej imię przeżyło krótkotrwałą falę popularności na przełomie lat 50. i 60., by potem zejść nieco do rzadziej nadawanych.
Obecnie imię Emilian doświadcza renesansu, szczególnie w dużych miastach i w środowiskach artystycznych. Coraz częściej wybierają je rodzice, którzy cenią klasyczne brzmienie oraz bogate tradycje stojące za tym imieniem. W międzynarodowych środowiskach Emilian nie traci na wyrazistości, co czyni je atrakcyjnym wyborem dla rodzin o zróżnicowanym pochodzeniu.
Podsumowując, historia imienia Emilian to opowieść o starożytnych korzeniach w Rzymie, chrześcijańskich męczennikach, literackich bohaterach i współczesnych nosicielach, którzy nadają mu nowe znaczenia w XXI wieku.